肌肉萎缩一般由多种原因引起，其中神经源性因素较为常见，比如运动神经元病，这种疾病会导致神经对肌肉的支配出现问题，进而引发肌肉萎缩，约有5%-10%的肌肉萎缩与遗传的运动神经元病相关。
神经源性因素
脊髓病变： 像脊髓空洞症，它会使脊髓内形成空洞，影响神经传导，从而导致相应节段的肌肉萎缩，发病年龄多在20-30岁之间。还有脊髓灰质炎后遗症，曾经患过脊髓灰质炎的人，在康复后可能会出现肌肉萎缩的情况。周围神经病变： 例如格林 - 巴利综合征，在疾病恢复阶段可能会出现肌肉萎缩，一般发病前1-3周有感染史。另外，糖尿病性周围神经病变也会引起肌肉萎缩，糖尿病患者若血糖控制不佳，病程较长时容易出现这种并发症。
肌源性因素
遗传性肌病： 像杜氏肌营养不良症，这是一种X连锁隐性遗传疾病，多见于男孩，通常在3-5岁时发病，逐渐出现进行性的肌肉萎缩。还有面肩肱型肌营养不良症，发病年龄相对较广，可在儿童期到成年期发病。炎症性肌病： 比如多发性肌炎，是一种自身免疫性疾病，会出现肌肉无力、萎缩，患者血液中肌酶会升高，发病可急可缓。皮肌炎除了肌肉症状外，还伴有皮肤损害，也会导致肌肉萎缩。
废用性因素
长期制动： 当肢体由于骨折等原因需要长时间固定时，肌肉得不到有效的运动刺激，就会发生废用性肌肉萎缩。一般固定1个月左右，肌肉就会有明显的萎缩变化，肌纤维变细。还有长期卧床的患者，由于身体活动减少，也会出现全身肌肉的废用性萎缩，卧床2-3周就会有肌肉萎缩的表现。