肠道功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群的药物等，比如常用的双歧杆菌四联活菌片，一般来说可以在一定程度上改善肠道功能紊乱情况。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，从而改善肠道功能紊乱引起的腹胀、腹泻或便秘等症状。这类药物对于因肠道菌群失调导致的肠道功能紊乱有较好的调节作用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 其中含有枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌，可直接补充正常生理活菌，抑制肠道内有害细菌过度繁殖，调整肠道菌群，对肠道功能紊乱有一定的改善效果，能缓解腹泻、便秘、腹胀等不适。
促胃肠动力类药物
多潘立酮： 能促进胃肠道蠕动，加快胃的排空，可缓解肠道功能紊乱引起的腹胀、早饱等症状。它主要是通过阻断多巴胺受体，增强胃蠕动，促进胃排空。但需要注意，孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利： 也是一种促胃肠动力药，通过兴奋胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5 - HT4受体，促进乙酰胆碱释放，从而增强胃肠道运动，改善功能性消化不良、肠道功能紊乱相关的消化不良症状，如早饱、餐后饱胀、上腹胀痛等。不过，对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
缓解腹痛类药物
匹维溴铵： 是一种对胃肠道具有高度选择性的钙拮抗药，可缓解肠道功能紊乱引起的腹痛症状。它通过抑制钙离子流入肠道平滑肌细胞，发挥抗痉挛作用，主要用于与肠道功能紊乱有关的疼痛、排便异常和胃肠不适等。孕妇禁用，哺乳期妇女用药需权衡利弊。曲美布汀： 能调节胃肠道运动功能，对胃肠道平滑肌有双向调节作用，既可抑制运动亢进肌群的运动，又可增进运动功能低下肌群的运动。适用于肠道功能紊乱引起的食欲不振、恶心、呕吐、嗳气、腹胀、腹痛、腹泻、便秘等症状。一般来说，不良反应较少，但孕妇、哺乳期妇女使用时应谨慎，必须用药时需在医生指导下进行。