干燥综合症的病因目前尚未完全明确，可能与多种因素相关。据研究，遗传因素在其中起到一定作用，比如某些基因的遗传多态性会增加患干燥综合症的风险。
遗传因素影响
基因关联： 有研究发现，人类白细胞抗原（HLA）系统中的某些基因位点，如HLA - DR3、HLA - DR4等，与干燥综合症的易感性有关。携带这些基因的人群相对来说患干燥综合症的几率可能会高于没有携带的人群。
免疫因素作用
自身免疫反应： 人体的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺体，尤其是唾液腺和泪腺。正常情况下，免疫系统能够识别自身和外来物质，但是在干燥综合症患者体内，免疫系统出现紊乱，产生了多种自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等，这些自身抗体攻击唾液腺和泪腺等外分泌腺体，导致腺体功能受损，出现口干、眼干等症状。
病毒感染影响
病毒可能触发： 某些病毒感染可能会触发干燥综合症的发生。例如，EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究显示，在干燥综合症患者体内检测到病毒相关的序列或抗体，推测病毒感染可能作为一种诱因，激活了自身免疫反应，从而引发了干燥综合症。不过目前还不是完全明确病毒感染具体是如何精准触发自身免疫反应导致干燥综合症的详细机制，但可以确定病毒感染在其发病过程中可能起到了一定的触发作用。