干燥综合症的病因目前尚未完全明确，一般认为是遗传、免疫、感染等多种因素共同作用导致的。据研究，遗传因素在其中起到一定作用，约10%的干燥综合症患者有家族遗传倾向。
遗传因素方面：
基因关联： 某些人类白细胞抗原（HLA）基因与干燥综合症的发病相关，比如HLA - DR3、HLA - DR4等基因携带者患干燥综合症的风险相对较高。有家族中多人患病的情况出现，提示遗传易感性在发病中起到一定作用。
免疫因素方面：
免疫系统异常激活： 患者体内的免疫系统会错误地攻击自身的外分泌腺，尤其是唾液腺和泪腺。正常情况下，免疫系统能识别和抵御外来病原体，但在干燥综合症患者体内，B淋巴细胞过度活化，产生大量自身抗体，如抗SSA抗体、抗SSB抗体等，这些自身抗体攻击唾液腺和泪腺的细胞，导致腺体分泌功能受损，出现口干、眼干等症状。T淋巴细胞失调： T淋巴细胞在免疫反应中也发挥着重要作用，干燥综合症患者体内T淋巴细胞的功能也存在异常，影响了免疫调节功能，进一步加剧了自身免疫反应对腺体的破坏。
感染因素方面：
病毒感染： 某些病毒可能与干燥综合症的发病有关。例如，EB病毒、丙型肝炎病毒等。有研究发现，在干燥综合症患者的唾液腺、泪腺等组织中可检测到病毒相关的核酸序列或抗原。病毒感染可能会触发机体的免疫反应，打破免疫耐受，从而诱发干燥综合症。比如EB病毒感染后，可能会改变人体细胞的抗原性，使得免疫系统将自身腺体细胞当作外来异物进行攻击。总之，干燥综合症是由遗传、免疫、感染等多种因素综合作用引起的自身免疫性疾病，这些因素相互交织，共同导致了腺体分泌功能的障碍和一系列临床症状的出现。