胃肠紊乱时，常用的药物有益生菌类、促胃肠动力药等。比如益生菌中的双歧杆菌四联活菌片，能调节肠道菌群，一般可以改善因肠道菌群失调引起的胃肠紊乱，它通过补充有益菌来发挥作用。
益生菌类药物：
枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，达到调整肠道内菌群失调的目的。适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、胀气、消化不良等胃肠紊乱情况。但需注意2岁以下婴儿服用时，应将药粉溶于50℃以下温水或牛奶中服用。双歧杆菌三联活菌胶囊： 主要成分是长型双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌，可直接补充人体正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌。用于治疗肠道菌群失调引起的腹泻、慢性腹泻、便秘等胃肠紊乱问题。不过，该药物应冷藏保存。
促胃肠动力药：
多潘立酮片： 能直接作用于胃肠壁，可增加食管下部括约肌张力，防止胃-食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，抑制恶心、呕吐，并能有效地防止胆汁反流，不影响胃液分泌。适用于由胃排空延缓、胃食管反流、食管炎引起的消化不良症状，如：上腹部胀闷感、腹胀、上腹疼痛、嗳气、肠胃胀气、口中带有或不带有反流胃内容物的胃烧灼感等胃肠紊乱表现。但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利片： 为选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，刺激胃肠道而发挥促动力作用，从而改善功能性消化不良患者的胃肠道症状，但不影响胃酸的分泌。可用于缓解因胃肠动力不足引起的胃肠紊乱，如早饱、餐后饱胀感、上腹胀痛、恶心、呕吐等症状。不过，对莫沙必利过敏者禁用，胃肠道出血、肠梗阻或穿孔者禁用。
抑制胃酸分泌药：
奥美拉唑肠溶胶囊： 属于质子泵抑制剂，通过抑制胃壁细胞H+-K+-ATP酶的活性，从而抑制胃酸分泌。适用于因胃酸分泌过多导致胃肠紊乱的情况，比如胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病引起的反酸、烧心、胃痛等症状。但严重肾功能不全者及婴幼儿禁用，孕妇及哺乳期妇女慎用。雷尼替丁胶囊： 为H2受体拮抗剂，能竞争性阻断组胺H2受体，抑制组胺、五肽胃泌素、氨甲酰胆碱引起的胃酸分泌，降低胃酸和胃酶活性。可用于缓解胃酸过多所致的胃痛、胃灼热感（烧心）、反酸等胃肠紊乱相关症状。不过，孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童禁用。