右侧附件囊肿是否影响怀孕，需分情况来看。一般直径小于5厘米的生理性囊肿，通常不影响怀孕，很多女性在月经后复查可能会消失；而直径大于5厘米的病理性囊肿，就可能会影响怀孕，大概有15% - 20%的概率影响受孕。
囊肿性质不同影响有别
生理性囊肿： 多与月经周期有关，比如黄体囊肿，常见于月经后半期，一般直径小于5厘米，多数可在2 - 3个月经周期后自行消失，这种情况通常不会影响怀孕，定期复查超声观察其变化即可。病理性囊肿： 包括卵巢巧克力囊肿、浆液性囊腺瘤、黏液性囊腺瘤等。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢形成的，它会影响卵巢的正常排卵和盆腔内环境，大概有30% - 40%的子宫内膜异位症患者会出现不孕；浆液性囊腺瘤和黏液性囊腺瘤如果持续增大，可能会压迫输卵管，影响卵子和精子的结合以及受精卵的运输，从而影响怀孕。
囊肿大小对怀孕的影响
较小囊肿（直径≤5厘米）： 如果是良性的较小囊肿，对怀孕的影响相对较小，但也需要密切监测。有些女性可能在怀孕后囊肿会继续增大，不过也有部分人囊肿不会有明显变化。一般直径≤5厘米的囊肿，约有80% - 90%的女性还是可以正常受孕的，但仍需定期产检观察囊肿情况。较大囊肿（直径>5厘米）： 较大的囊肿发生扭转、破裂等并发症的风险增加，而且会明显干扰卵巢和输卵管的正常结构与功能。直径>5厘米的囊肿，大概只有60% - 70%的女性能自然受孕，很多需要先通过手术切除囊肿后再尝试怀孕。
囊肿位置与怀孕的关联
囊肿靠近输卵管： 如果右侧附件囊肿靠近输卵管，比如长在输卵管旁边，就很容易压迫输卵管，影响卵子从卵巢排出后进入输卵管与精子结合。据统计，这种情况下约有40% - 50%的女性受孕几率会降低，即使受孕，发生宫外孕的风险也会增高，因为囊肿可能会影响受精卵正常运输到子宫腔。囊肿位于卵巢实质内： 如果囊肿长在卵巢实质内，会破坏卵巢的正常组织结构，影响卵子的生成和排出。这类女性怀孕的概率相对较低，可能只有50%左右，而且怀孕后发生流产等情况的风险也可能增加。