肾结石碎石后还疼，主要有以下原因：一是结石击碎后尚未排出，二是在排出下移过程中导致输尿管划伤从而引起疼痛。对此应及时前往医院检查并对症治疗。
肾结石进行体外冲击波碎石，其原理主要是借助超声波的能量将肾脏内的大结石震碎成小结石，这些小结石通过人体自然通道，即从肾盂进入输尿管、膀胱、尿道，进而排出体外。所以在结石排出过程中，会刺激输尿管黏膜，导致肾绞痛发作，而且在小结石排出掉落过程中，偶尔仍会有疼痛发生，这属于正常现象。如果采取手术治疗，如经皮肾镜或输尿管软镜碎石，术后通常会留置双J管，双J管的两侧为J型，中间直行部分位于输尿管内，起到支撑输尿管、防止炎性狭窄、支撑扩张输尿管以及有助于尿液引流和小结石结晶排出的作用。双J管在体内会刺激膀胱黏膜和肾盂黏膜，从而引起疼痛，这也属于正常现象，同时可能还会伴有血尿。在术后一个月将双J管拔除后，此类症状通常会得到缓解。疼痛严重时，建议患者及时到医院进行泌尿系B超或CT检查。
总之，肾结石碎石后疼痛可能由多种原因导致，要根据具体情况进行分析和处理，必要时及时就医检查和治疗。