肾结石碎石后还疼的原因可能如下：
一、结石击碎后尚未排出，或在排出下移过程中导致输尿管划伤从而引起疼痛。肾结石进行体外冲击波碎石，其原理主要是利用超声波的能量将肾脏内的大结石震碎成小结石，这些小结石会通过人体自然通道，即从肾盂进入输尿管、膀胱、尿道，进而排出体外。在此过程中，结石排出时会刺激输尿管黏膜，进而导致肾绞痛发作，并且小结石在排出掉落时偶尔也会出现疼痛，这属于正常现象。
二、如果是进行手术治疗，比如经皮肾镜或者输尿管软镜碎石，碎石术后一般会留置双J管。双J管是两侧呈J型的直行管道，中间直行部分位于输尿管内，能起到支撑输尿管、防止炎性狭窄以及支撑扩张输尿管的作用，还有助于尿液引流和小结石结晶的排出。但双J管在体内会刺激膀胱黏膜和肾盂黏膜，从而引起疼痛，这属于正常现象，同时可能还会伴有血尿。在术后一个月将双J管拔除后，此类症状通常可缓解。当疼痛严重时，建议患者及时前往医院进行泌尿系B超或CT检查。
总之，肾结石碎石后还疼的原因较为多样，需要根据具体情况进行分析和处理。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医，以便明确原因并采取相应的治疗措施。