碎石后结石移动刺激
肾结石碎石后，结石碎块会在输尿管内移动，刺激输尿管平滑肌，引发痉挛性疼痛，这是较为常见的情况，一般疼痛程度有轻有重，持续时间不定。
输尿管暂时性梗阻
碎石后的小结石可能在短时间内造成输尿管部分梗阻，尿液排出不畅，进而引起疼痛，这种梗阻多为暂时性，随着结石进一步排出可缓解。
局部组织损伤炎症反应
碎石过程中可能对肾脏或输尿管局部组织造成一定损伤，引发炎症反应，炎症刺激会导致疼痛，患者可能伴有局部的不适感。
个体痛觉敏感性差异
不同患者对疼痛的感知和耐受程度不同，有些患者本身痛觉敏感性较高，即使碎石后损伤等情况不严重，也会感觉疼痛较为明显，这与个人的神经敏感度等因素有关。
对于肾结石碎石后仍疼痛的情况，患者应及时就医，进行相关检查，如超声、尿常规等，以明确具体原因，并采取相应的处理措施。同时，要注意休息，适量饮水，促进结石排出，特殊人群如儿童、孕妇等更需谨慎对待，遵循医生的专业指导进行处理。