肾结石碎石后仍疼痛可能与多种因素有关，如碎石后结石移动、局部损伤、感染等。
结石移动刺激
碎石后，结石碎块在排出过程中可能刺激尿路黏膜，引起疼痛。这是因为结石碎块通过输尿管等部位时，会对黏膜产生摩擦或造成梗阻，从而引发疼痛，这种疼痛可能呈阵发性，程度有轻有重。
局部组织损伤
碎石过程中可能对肾脏或尿路局部组织造成一定损伤，损伤部位会引起疼痛。一般来说，这种损伤导致的疼痛会随着时间推移逐渐减轻，但在恢复过程中仍可能有不适感。
感染因素
碎石后若发生尿路感染，也会出现疼痛症状。感染会使局部组织处于炎症状态，炎症刺激会引起疼痛，同时可能伴有发热、尿频、尿急等症状。
个体差异
不同患者对疼痛的耐受程度不同，且身体状况、病史等因素也会影响疼痛的感受和持续时间。比如有基础疾病的患者，可能恢复相对较慢，疼痛持续时间可能更长。另外，儿童对疼痛的感知和反应与成人不同，儿童可能表现得更为烦躁不安等，需特别关注其疼痛相关表现及整体状况。