肾结石碎石后仍感疼痛，可能有多种情况。
碎石后结石移动刺激
碎石后，结石碎块会在输尿管内移动，刺激输尿管平滑肌，引发痉挛性疼痛，这是较为常见的原因之一。
输尿管水肿狭窄
碎石过程中可能对输尿管造成一定损伤，导致输尿管水肿，甚至出现暂时性狭窄，影响尿液排出，从而引起疼痛。
继发尿路感染
碎石后，泌尿系统局部防御能力下降，容易继发尿路感染，炎症刺激会导致疼痛，同时可能伴有尿频、尿急等症状。
个体差异因素
不同患者对疼痛的敏感程度不同，即使碎石情况相似，部分患者可能因自身痛阈较低，感觉疼痛较为明显。另外，患者的年龄、基础健康状况等也会有影响，比如老年患者身体机能相对较弱，恢复可能较慢，疼痛持续时间可能相对较长。