肠道功能紊乱可以使用一些调节肠道菌群和胃肠动力的药物来改善，比如常用的双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，一般来说能在一定程度上缓解肠道功能紊乱相关症状。
调节肠道菌群的药物
双歧杆菌四联活菌片： 包含双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群失调，改善肠道功能，对因菌群紊乱引起的肠道功能紊乱有帮助，它是通过补充有益菌来恢复肠道正常的微生态环境。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 主要成分是地衣芽孢杆菌，可促进肠道有益菌群生长，抑制有害菌繁殖，从而调整肠道菌群，缓解肠道功能紊乱带来的不适，比如腹泻、腹胀等症状可能会因此得到改善。
改善胃肠动力的药物
多潘立酮片： 能促进胃肠道蠕动，加快胃的排空，对于因胃肠动力不足导致的肠道功能紊乱有作用，像进食后出现的腹胀、早饱等情况可能会有所缓解，它是通过作用于胃肠壁，增强胃肠道的蠕动来发挥功效。莫沙必利片： 同样是促进胃肠动力的药物，可改善消化不良、腹胀、腹痛等肠道功能紊乱相关症状，它能刺激胃肠道胆碱能中间神经元及肌间神经丛的5-羟色胺受体，促进乙酰胆碱释放，从而增强胃肠道运动。
对症治疗的药物
蒙脱石散： 如果肠道功能紊乱伴有腹泻症状，蒙脱石散可以发挥作用，它能在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的毒素和多余水分，起到止泻的效果，一般成人每次服用1袋（3克），儿童根据年龄适量减量。复方消化酶胶囊： 当肠道功能紊乱出现消化不良，表现为食欲不佳、餐后饱胀等情况时，复方消化酶胶囊可以帮助消化，它含有多种消化酶，能促进食物的消化和吸收，辅助改善肠道功能紊乱引发的相关不适。