男性衣原体感染后，部分人会出现一些症状。比如，约有50%的男性衣原体感染患者可能会出现尿道不适等症状。
尿道症状表现
尿道刺痒： 患者会感觉尿道内有轻微的瘙痒感，这种瘙痒可能会持续存在，程度因人而异，有的较轻，有的相对明显一些。尿道分泌物： 可能会出现尿道分泌物，一般是少量稀薄的分泌物，颜色多为透明或白色，在晨起时可能会发现尿道口有少量分泌物结痂的情况，封住尿道口。
生殖系统相关症状
附睾炎： 部分男性衣原体感染可能会引发附睾炎，表现为阴囊部位的疼痛、肿胀，疼痛可放射至腹股沟等部位，用手触摸阴囊时能感觉到附睾部位有明显的肿大、触痛。一般发病可能在感染衣原体后的几周内出现这种附睾炎的症状。前列腺炎： 也有少数男性衣原体感染患者会出现前列腺炎相关表现，如会阴部坠胀不适、尿频、尿急等症状，不过相对附睾炎来说，因衣原体感染引起的前列腺炎发生率相对低一些，但也是可能出现的症状之一。
其他可能伴随症状
全身症状： 少数情况下，男性衣原体感染可能会伴有全身症状，比如轻度的发热，体温一般不会太高，多在37.5℃~38℃左右，还可能有乏力、周身不适等表现，但这类全身症状相对比较少见，多数还是以尿道及生殖系统局部症状为主。