儿童矮小的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，儿童矮小的概率相对较高。另外，内分泌疾病也可能导致儿童矮小，比如生长激素缺乏症，这是由于垂体分泌生长激素不足引起的，据统计，因生长激素缺乏导致矮小的儿童约占矮小症患儿的30%左右。
内分泌因素
生长激素缺乏： 垂体是分泌生长激素的重要器官，若垂体功能出现问题，生长激素分泌量不足，就会影响儿童的生长发育，导致身材矮小。这类情况需要通过医学检查来明确诊断。甲状腺功能减退： 甲状腺激素对儿童的生长和发育至关重要，甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌减少，会使儿童生长迟缓，除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓等表现。
营养因素
营养不良： 儿童在生长发育过程中，需要充足的蛋白质、维生素、矿物质等营养物质。如果长期挑食、偏食，导致营养摄入不足，就会影响身高增长。例如，蛋白质是身体细胞的重要组成部分，缺乏蛋白质会影响骨骼等组织的生长。营养过剩： 但如果过量摄入高热量食物，导致肥胖，也可能对身高产生不利影响。因为肥胖可能会影响内分泌功能，干扰生长激素的正常分泌和作用。
疾病因素
慢性疾病： 一些慢性疾病，如先天性心脏病、慢性肾病等，会影响儿童的营养吸收和身体代谢，从而阻碍生长。以慢性肾病为例，肾脏功能受损会影响多种激素的代谢和营养物质的排泄，进而影响儿童的生长发育。骨骼疾病： 像软骨发育不全等骨骼系统的疾病，会直接影响骨骼的生长和发育，导致儿童身材矮小。这类疾病通常是先天性的，会使骨骼的生长出现异常。