儿童矮小症的原因有多种。据统计，内分泌因素是导致儿童矮小症的常见原因之一。其中生长激素缺乏或分泌不足是重要因素，生长激素由垂体前叶分泌，它能促进骨骼、内脏和全身生长，影响蛋白质合成等。如果儿童垂体前叶分泌生长激素的细胞受损，就可能出现生长激素缺乏，导致身高增长缓慢。
遗传因素：遗传是影响身高的重要因素之一
父母身高较矮，儿童遗传获得的身高潜力就相对有限，这种情况下儿童可能出现矮小症。比如父母双方都属于身材较矮小的类型，那么孩子发生矮小症的概率就会比正常家庭背景的孩子高一些。而且遗传因素导致的矮小症往往从儿童早期就可能表现出来，身高增长速度可能低于正常儿童的平均水平。
内分泌疾病：甲状腺功能减退也是引发儿童矮小症的原因
甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育至关重要，它能促进机体新陈代谢和生长发育。当儿童甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响骨骼的生长和发育，导致身高增长迟缓。患儿除了身材矮小外，还可能伴有智力发育迟缓、皮肤粗糙等症状。另外，性早熟也会导致儿童矮小症，性早熟的儿童会过早出现第二性征，骨骺会过早闭合，使得生长周期缩短，最终身高比正常儿童矮小。
营养因素：营养不良会影响儿童身高
如果儿童长期饮食中营养摄入不足，缺乏蛋白质、维生素、钙、磷等重要营养素，就会影响骨骼的生长发育。比如儿童长期挑食、偏食，导致蛋白质摄入不够，身体无法获得足够的原料来合成生长所需的物质，进而影响身高增长。相反，营养过剩导致肥胖的儿童也可能出现矮小症相关问题，过度肥胖可能会干扰内分泌系统，影响生长激素的分泌和作用，阻碍身高正常增长。