儿童矮小的原因有多种。一般来说，遗传因素是常见原因之一，如果父母身高偏矮，儿童遗传矮小的概率会相对较高，有数据显示约30%的矮小儿童是由遗传因素导致。
生长激素缺乏或分泌不足
垂体问题：垂体是分泌生长激素的重要器官，如果垂体发生病变，比如垂体肿瘤等，就可能影响生长激素的分泌。生长激素对儿童的生长发育至关重要，它能促进骨骼、内脏和全身生长，影响蛋白质合成等。下丘脑功能障碍：下丘脑分泌的生长激素释放激素等调节激素出现问题，也会影响生长激素的分泌，进而导致儿童生长缓慢，身材矮小。
内分泌疾病
甲状腺功能减退：甲状腺分泌的甲状腺激素对儿童的生长发育也起着关键作用。当儿童甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会使儿童生长迟缓，除了身材矮小，还可能伴有智力发育迟缓、面色苍白、皮肤粗糙等表现。一般通过检测甲状腺功能可以发现异常。性早熟：性早熟的儿童在早期会出现身高增长加速的情况，但由于骨骼过早闭合，最终身高会比正常儿童矮小。性早熟是指女孩8岁前、男孩9岁前出现第二性征发育。
营养因素
营养不良：长期摄入营养不足，比如蛋白质、热量、维生素等缺乏，会影响儿童的生长发育。例如，蛋白质是身体生长的重要物质基础，长期蛋白质摄入不够，会导致儿童生长迟缓。营养过剩：过度肥胖的儿童也可能出现矮小情况。因为肥胖可能会影响内分泌系统，导致生长激素分泌异常等，从而阻碍正常生长。而且肥胖儿童往往存在代谢紊乱等问题，也不利于身高增长。