怀孕后孕酮低可能由多种原因导致。一般来说，黄体功能不全是常见原因之一，女性卵巢中的黄体分泌孕酮，如果黄体功能不好，就会使孕酮分泌不足。另外，胚胎发育异常也可能引起孕酮低，比如胚胎染色体异常等情况，会影响孕酮的分泌水平。还有，内分泌系统疾病也可能与之相关，像甲状腺功能减退等疾病，会干扰激素的正常调节，进而影响孕酮的产生。
黄体相关因素导致孕酮低
卵巢黄体发育不全： 女性卵巢的黄体在妊娠早期起着重要作用，负责分泌孕酮。如果黄体本身发育不够完善，其分泌孕酮的能力就会下降。正常情况下，黄体的功能是有一定周期性的，在妊娠早期它需要充分发挥作用来维持妊娠所需的孕酮水平，但如果发育不全，就无法满足需求。黄体期异常： 黄体期是指排卵后到月经来潮前的时期，正常的黄体期对于孕酮的正常分泌很关键。如果黄体期出现缩短等异常情况，也会影响孕酮的分泌量，导致孕期孕酮水平偏低。
胚胎因素引发孕酮低
胚胎染色体异常： 当胚胎的染色体出现数目或者结构异常时，会影响胚胎的正常发育，进而影响到孕酮的分泌。比如常见的21 - 三体综合征等染色体异常的胚胎，往往会伴随孕酮水平低下的情况。胚胎种植失败影响： 如果胚胎种植到子宫内后发育不佳，也可能间接导致孕酮分泌受影响。因为胚胎的正常发育是和孕酮水平相互影响的，胚胎出现问题可能会反馈性地引起孕酮分泌异常。
内分泌系统疾病影响孕酮低
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对身体的代谢等多种功能进行调节，当甲状腺功能减退时，会影响到整个内分泌系统的平衡。甲状腺激素分泌不足会干扰到与孕酮分泌相关的激素调节通路，从而导致孕酮水平降低。据研究，约有一定比例的甲状腺功能减退孕妇会出现孕酮低的情况。肾上腺疾病： 肾上腺也是内分泌系统的重要器官，肾上腺疾病可能会影响到激素的分泌平衡。例如肾上腺皮质功能亢进或减退等疾病，都可能间接影响到孕酮的合成与分泌，导致孕期孕酮水平异常偏低。