肛门里疼痛难忍可能由多种原因引起，比如痔疮发作时，Ⅲ、Ⅳ度内痔脱出嵌顿，可导致剧烈疼痛，这种情况较为常见。
痔疮导致的疼痛
内痔嵌顿： 当内痔发展到较严重阶段，痔核脱出肛门外不能回纳，就会引起肛门局部血液循环障碍，从而出现剧烈疼痛，一般这种情况疼痛较为明显，持续时间可能较长。外痔血栓形成： 外痔内血管破裂形成血栓，会突然出现肛门部肿物，伴有剧烈疼痛，触摸时疼痛加剧，疼痛程度往往让患者坐立不安。
肛周感染引发的疼痛
肛周脓肿： 肛门周围软组织发生化脓性感染形成脓肿，初期局部会有红肿热痛，随着脓肿增大，疼痛会逐渐加重，有的患者疼痛明显，还可能伴有发热等全身症状，脓肿成熟时波动感明显。肛窦炎： 肛窦受到细菌感染，会出现肛门部坠胀、疼痛，排便时疼痛可能会加重，患者会感觉肛门内有异物感且疼痛不适。
肛裂造成的疼痛
新鲜肛裂： 肛管皮肤全层裂开形成溃疡，排便时粪便刺激溃疡面，会引起剧烈疼痛，排便后疼痛还可能持续一段时间，有的患者疼痛能持续数小时。陈旧性肛裂： 由新鲜肛裂迁延不愈发展而来，除了有排便时的疼痛，还可能伴有肛门括约肌痉挛性疼痛，疼痛更加顽固，严重影响患者的生活和排便。
肠道寄生虫感染
蛔虫、蛲虫等： 当肠道内有蛔虫、蛲虫等寄生虫时，也可能引起肛门周围疼痛，尤其是蛲虫，常在夜间爬出肛门产卵，刺激肛门周围皮肤，导致瘙痒和疼痛，影响睡眠等。比如儿童感染蛲虫后，夜间肛门瘙痒疼痛较为常见。