宝宝三个月了睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育完善，摇头可能是一种自我安慰的方式。此外，宝宝的神经系统还在发育中，可能会出现一些不自主的运动，包括摇头。这种情况通常不需要特殊处理，会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.皮肤问题：宝宝的头部可能会因为出汗、湿疹等原因而感到瘙痒，从而导致摇头。家长可以检查宝宝的头部是否有皮疹、红肿等异常情况，并保持宝宝的头部清洁干燥。
3.环境因素：如果宝宝所处的环境温度过高、过低，或者空气过于干燥，都可能导致宝宝感到不适，从而出现摇头的现象。家长可以根据实际情况调整宝宝的环境温度和湿度。
4.维生素D缺乏：维生素D缺乏可能会导致宝宝出现佝偻病，从而引起多汗、摇头、夜惊等症状。家长可以带宝宝去医院检查维生素D水平，并在医生的指导下进行补充。
5.耳部感染：耳部感染是导致宝宝摇头的常见原因之一。宝宝的耳部结构尚未完全发育成熟，容易感染细菌或病毒，从而引起耳部疼痛。摇头可能是宝宝缓解耳部疼痛的一种方式。家长可以观察宝宝的耳部是否有红肿、分泌物等异常情况，并及时带宝宝去医院就诊。
如果宝宝除了摇头外，还伴有其他异常症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安、夜惊等，或者摇头的情况持续时间较长，建议及时带宝宝去医院就诊，以便明确原因并进行相应的治疗。同时，家长在日常生活中要注意观察宝宝的情况，保持宝宝的头部清洁，及时增减衣物，为宝宝提供一个舒适的睡眠环境。