三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的原因：
1.生理原因：
头部出汗：宝宝的新陈代谢比成人快，头部容易出汗，如果睡觉时头部温度过高，宝宝可能会通过摇头来散热。
皮肤瘙痒：宝宝的皮肤娇嫩，如果接触到过敏原、湿疹等，可能会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。
环境因素：睡觉时环境温度过高、过低，或床铺不舒适，也可能导致宝宝摇头。
2.病理原因：
维生素D缺乏性佝偻病：维生素D缺乏会导致钙吸收不良，引起神经兴奋性增加，宝宝可能会出现多汗、摇头、夜惊等症状。
中耳炎：中耳炎是儿童常见的疾病，如果宝宝耳朵疼痛，可能会通过摇头来缓解。
其他：湿疹、皮肤感染、外耳道炎等也可能导致宝宝头部不适，从而引起摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，可能是正常的生理现象。但如果宝宝经常摇头，伴有多汗、夜惊、烦躁、哭闹等症状，或者摇头的同时出现了其他异常表现，如发热、呕吐、抽搐等，应及时就医，进行相关检查，以明确原因。
对于三个月的宝宝，家长可以采取以下措施来缓解宝宝睡觉摇头的情况：
1.保持适宜的睡眠环境，温度适中，床铺舒适。
2.及时给宝宝更换汗湿的衣物，保持皮肤清洁。
3.如果宝宝有湿疹等皮肤问题，应及时就医治疗。
4.给宝宝补充维生素D，促进钙吸收。
5.注意观察宝宝的情况，如果发现异常，及时就医。
需要注意的是，每个宝宝的情况都可能不同，如果家长对宝宝的睡眠问题感到担忧，最好咨询医生的意见，以确保宝宝的健康。