三个月宝宝睡觉老是摇头，可能与以下原因有关。
1.正常生理现象：宝宝的前庭功能尚未发育成熟，摇头是一种正常的生理反应。此外，宝宝的神经系统还在发育中，可能会出现不自主的运动，包括摇头。
2.皮肤问题：宝宝的头皮可能会出现湿疹、痱子等皮肤问题，导致瘙痒，从而引起摇头。
3.环境因素：宝宝睡觉时所处的环境温度过高、过低，或者被褥过厚、过硬，都可能让宝宝感到不舒服，从而出现摇头的现象。
4.缺钙：如果宝宝体内缺钙，可能会导致神经兴奋性增加，出现多汗、摇头、夜惊等症状。
5.耳部感染：宝宝的耳部可能会受到感染，引起中耳炎，导致宝宝出现摇头、哭闹等症状。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶、睡眠正常，可能是正常的生理现象，不需要特殊处理。但如果宝宝摇头频繁，伴有哭闹、烦躁、夜惊等症状，或者出现发热、呕吐等异常情况，可能是疾病引起的，需要及时就医，明确原因，并进行相应的治疗。
此外，家长在护理宝宝时，要注意保持宝宝的皮肤清洁干燥，选择宽松、柔软的衣物和被褥，保持适宜的环境温度。同时，要注意给宝宝补充维生素D和钙剂，预防缺钙。如果宝宝出现耳部感染等异常情况，要及时就医，遵医嘱进行治疗。