三个月宝宝睡觉老是摇头，可能是以下原因引起：
1.生理因素：
神经系统发育不完善：三个月的宝宝神经系统还没有发育完善，容易出现兴奋、激动等情况，从而导致宝宝睡觉摇头。
出汗：宝宝头部出汗较多，汗液刺激头皮，也会导致宝宝睡觉摇头。
湿疹：宝宝头部、面部、颈部等部位出现湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而引起宝宝睡觉摇头。
2.病理因素：
中耳炎：宝宝耳朵进水、感冒等原因，容易引起中耳炎，导致宝宝耳朵疼痛，从而出现睡觉摇头的情况。
佝偻病：宝宝体内维生素D缺乏，会导致钙吸收不良，引起佝偻病，从而出现睡觉摇头、多汗、夜惊等症状。
其他：宝宝头部有外伤、过敏等情况，也会导致宝宝睡觉摇头。
如果宝宝只是偶尔睡觉摇头，没有其他异常表现，一般不需要特殊处理。如果宝宝睡觉摇头频繁，或者伴有其他异常表现，建议及时带宝宝到医院就诊，明确原因，以便采取相应的治疗措施。
需要注意的是，宝宝的皮肤娇嫩，在给宝宝清洁头部时，动作要轻柔，避免用力揉搓，以免损伤宝宝的头皮。同时，要保持宝宝头部的清洁干燥，避免湿疹的发生。如果宝宝有湿疹，要及时治疗，避免症状加重。