宝宝三个月了睡觉老是摇头，可能是由于以下原因引起的：
1.正常的生理现象：宝宝在浅睡眠时，常常会出现摇头、微笑、四肢舞动等动作，这是正常的生理现象，无需过于担心。
2.头部出汗：宝宝的头部容易出汗，如果睡觉时头部出汗过多，可能会导致头部瘙痒，从而引起摇头。
3.湿疹：宝宝的皮肤娇嫩，如果头部患有湿疹，可能会导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。
4.缺乏维生素D：宝宝缺乏维生素D时，可能会导致钙吸收不良，从而引起神经兴奋性增高，出现摇头、多汗、夜惊等症状。
5.其他：中耳炎、外耳道炎等疾病也可能会导致宝宝出现摇头的症状。
如果宝宝除了摇头，还伴有其他异常症状，如哭闹、睡眠不安、夜惊、多汗等，应及时带宝宝到医院就诊，明确原因，以便采取相应的治疗措施。同时，家长也要注意保持宝宝的头部清洁，及时修剪指甲，避免宝宝抓伤头部。此外，还要给宝宝提供舒适的睡眠环境，保持室内温度适宜、空气流通。如果宝宝是因为缺乏维生素D引起的摇头，家长可以在医生的指导下给宝宝补充维生素D。