慢性胃肠炎常见的症状表现多样。一般来说，患者可能会有长达数月甚至数年的不适症状。
胃肠道不适症状
腹痛： 多数患者会出现腹部隐痛，疼痛程度不一，有的是轻微胀痛，有的则是隐隐作痛，疼痛部位多在肚脐周围或上腹部。例如，部分患者可能每天都会有短时间的腹部隐痛，持续时间可能从几分钟到几十分钟不等。腹胀： 患者常常感觉肚子发胀，尤其是在进食后，腹胀感会更加明显。有的患者进食少量食物就会觉得肚子很饱，进而出现腹胀，影响食欲。
消化功能相关症状
食欲不振： 慢性胃肠炎患者往往食欲不佳，对食物的兴趣降低，不想吃东西。长期如此可能会导致体重有所下降。比如，有些患者原本食量正常，患病后食量明显减少，一段时间内体重可能会减轻2~5公斤。恶心呕吐： 部分患者会有恶心的感觉，严重时可能会出现呕吐现象，呕吐物多为胃内的内容物，一般为未消化的食物。偶尔可能会出现呕吐较为频繁的情况，一天可能会呕吐1~2次。
大便异常表现
腹泻： 大便次数增多是常见症状，每天可能会排便3~5次甚至更多，大便质地较稀，呈不成形的糊状，严重时可能呈水样便。例如，有的患者会出现持续性的腹泻，大便中可能还会带有少量黏液。便秘： 也有部分慢性胃肠炎患者会出现便秘的情况，大便干结，排便困难，每周排便次数少于3次。而且便秘和腹泻可能会交替出现，给患者带来困扰。
全身伴随症状
乏力： 患者容易感到疲倦、乏力，精神状态较差，即使经过休息，也很难恢复到正常的精力状态。比如，原本可以正常工作的患者，患病后会感觉上班时容易疲劳，需要更多的休息时间。消瘦： 由于胃肠道消化吸收功能受到影响，长期的慢性胃肠炎可能会导致患者消瘦，体重逐渐下降。如果病情没有得到有效控制，体重可能会持续减轻，几个月内体重可能会下降3~10公斤不等。