长期不吃早饭对身体危害较多，比如可能使胆结石风险增加约1.3 - 1.5倍。
对消化系统的不良影响
影响胆汁分泌与排泄： 胆汁是帮助消化脂肪等物质的重要液体，经过一夜的代谢，胆囊中储存了一定量的胆汁，若不吃早饭，胆汁就会在胆囊内过度浓缩，长期如此容易形成胆结石。而且，胃肠道在早上有正常的消化蠕动节律，长期不吃早饭会打乱这种节律，导致胃肠功能紊乱，出现消化不良、腹胀、腹痛等问题，比如有研究发现长期不吃早饭的人，患胃炎的概率比按时吃早饭的人高约20%。
对血糖代谢的不利作用
血糖波动大： 经过一夜的消耗，人体血糖处于较低水平，早上需要通过进食来补充能量，维持血糖稳定。长期不吃早饭，血糖不能及时得到补充，会出现低血糖反应，如头晕、乏力、注意力不集中等。同时，到了中午可能会过度进食，又会使血糖短时间内快速升高，长期下来容易影响胰岛素的正常分泌和作用，增加患糖尿病的风险，有数据显示长期不吃早饭人群患2型糖尿病的风险比规律吃早饭人群高约2 - 3倍。
对免疫力的削弱
免疫力下降： 早餐中含有丰富的营养物质，如蛋白质、维生素、矿物质等，这些营养物质对维持人体免疫力至关重要。长期不吃早饭，身体获取营养不足，会影响免疫系统的正常功能，使机体抵抗力降低，更容易受到细菌、病毒等病原体的侵袭，导致经常感冒、生病等情况，比如长期不吃早饭的学生，感冒的频率可能是按时吃早饭学生的2倍以上。
对心血管系统的潜在影响
血脂代谢异常： 不吃早饭会影响脂肪的代谢，导致血脂水平发生变化。例如，会使血液中胆固醇、甘油三酯等脂质成分升高，增加动脉粥样硬化的风险，进而影响心血管健康。有研究表明，长期不吃早饭的人，患高脂血症的概率比按时吃早饭的人高约1.8倍，而高脂血症是引发冠心病等心血管疾病的重要危险因素之一。