口舌生疮通常是多种因素引起的，一般来说，约有40% - 60%的口舌生疮与维生素缺乏有关，尤其是维生素B2（核黄素）缺乏时较易出现。
维生素缺乏导致
维生素B2缺乏：当人体缺乏维生素B2时，就容易引发口舌生疮。比如长期挑食、节食的人，很可能摄入维生素B2不足，从而增加口舌生疮的几率。维生素B6缺乏：维生素B6参与人体多种代谢过程，缺乏时也可能导致口舌生疮的情况出现，一些胃肠道吸收功能不好的人就容易缺乏维生素B6。
口腔局部刺激引起
创伤性刺激：牙齿的残根、残冠或者不合适的假牙等，会反复摩擦口腔黏膜，从而导致口舌生疮。例如有锐利牙尖的人，吃饭时就容易被牙尖刮伤口腔黏膜，进而引发生疮。不良习惯：长期喜欢吃辛辣、过热的食物，会对口腔黏膜造成刺激，容易引发口舌生疮。比如有些人特别爱吃火锅，经常吃很烫的食物，就容易刺激口腔黏膜导致生疮。
身体疾病因素
免疫系统疾病：像白塞病等免疫系统疾病，会影响口腔黏膜的正常状态，容易出现口舌生疮的症状。这类疾病会使身体免疫系统紊乱，攻击口腔黏膜组织。内分泌紊乱：女性在月经前后，由于体内内分泌水平发生变化，可能会出现口舌生疮的情况。比如有些女性每次月经前都会反复出现口舌生疮的现象，就是内分泌紊乱导致的。