口腔溃疡的主要原因较多，其中约20%的人可能是由免疫系统异常引发，比如自身免疫性疾病患者更容易出现口腔溃疡反复的情况。
一、局部创伤因素
口腔咬伤： 比如吃饭时不小心咬到口腔黏膜，就可能在1-2周内形成口腔溃疡，这种情况比较常见，尤其在咀嚼较快的人群中发生率较高。刷牙损伤： 刷牙时用力过猛，不小心刮伤口腔黏膜，也容易导致口腔溃疡的出现，一般损伤较轻的话，一周左右能恢复。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B12等时，容易引发口腔溃疡。比如长期饮食不均衡，蔬菜、水果摄入过少的人，就可能因维生素缺乏导致口腔溃疡，有研究发现约30%的口腔溃疡患者存在维生素B2缺乏的情况。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。如果身体内锌含量过低，会影响细胞的正常分裂和修复，从而增加口腔溃疡发生的几率。
三、系统性疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化系统疾病的人，口腔溃疡的发生率比常人要高。例如，有胃溃疡的患者中，约40%会伴随口腔溃疡问题，这可能与消化系统功能紊乱影响营养吸收和身体的免疫状态有关。内分泌变化： 女性在月经前后，体内激素水平发生变化，也容易出现口腔溃疡。一般月经前1-2周，体内孕激素水平升高，可能导致口腔溃疡发作，部分女性每月都会在这个时期出现口腔溃疡，持续到月经结束后逐渐缓解。