肠道功能失调可以使用一些调节肠道菌群的药物来改善，比如双歧杆菌四联活菌片，它能补充肠道有益菌，调节肠道菌群平衡，一般可以长期服用来帮助肠道功能恢复，但具体效果因个体而异。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 包含双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能在肠道内定植，抑制有害菌生长，改善肠道功能紊乱引起的腹泻、便秘等问题。一般适用于因肠道菌群失调导致的各种肠道不适。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活菌进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌等有益菌具有促进生长作用，从而调整肠道菌群失调，改善肠道功能。
促胃肠动力类药物
多潘立酮片： 能促进胃肠道的蠕动和排空，增加食管下部括约肌张力，防止胃食管反流，可用于缓解肠道功能失调引起的腹胀、早饱、恶心、呕吐等症状。但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利片： 选择性地促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良等引起的胃肠道功能失调症状，如烧心、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等。老年人使用时需注意观察，如有不适及时就医。
止泻与通便类药物
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素等有固定、抑制作用，还能覆盖消化道黏膜，保护肠道黏膜，可用于肠道功能失调引起的腹泻。服用时需注意要空腹服用，且与其他药物间隔一段时间。乳果糖口服溶液： 是一种合成的双糖，在肠道内不被吸收，可被肠道细菌分解成乳酸和醋酸，降低肠道 pH 值，保留水分，增加粪便体积，起到缓泻作用，用于治疗肠道功能失调导致的便秘。糖尿病患者慎用，因为乳果糖含有果糖。