肠道功能紊乱常用药物有调节肠道菌群的药物、胃肠动力调节药等。一般来说，可根据具体症状选择合适药物，比如肠道菌群失调引起的功能紊乱，常用双歧杆菌四联活菌片等调节菌群。
调节肠道菌群药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善因菌群失调导致的肠道功能紊乱，适用于肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以地衣芽孢杆菌为主要成分，可促进肠道有益菌群生长，抑制有害菌繁殖，调整肠道菌群失调，对肠道功能紊乱有一定的调节作用，常用于治疗肠道菌群失调相关的腹泻等症状。
胃肠动力调节药
多潘立酮片： 能促进胃肠道蠕动，加快胃排空，缓解消化不良、腹胀、恶心、呕吐等症状，可用于因胃肠动力不足引起的肠道功能紊乱。但孕妇慎用，哺乳期妇女使用时应停止哺乳。莫沙必利片： 同样是促进胃肠动力的药物，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、胃食管反流病等引起的肠道功能紊乱相关症状，老年人使用时需注意观察不良反应。
缓解腹痛等症状的药物
匹维溴铵片： 是一种胃肠道选择性钙拮抗剂，可缓解肠道痉挛引起的腹痛，适用于与肠道功能紊乱有关的疼痛、排便异常等症状。孕妇需在医生指导下使用，对本品过敏者禁用。曲美布汀片： 能调节胃肠道运动，对胃肠道运动功能紊乱有一定的调整作用，可改善食欲不振、恶心、呕吐、腹胀、腹痛、便秘等多种肠道功能紊乱相关症状，不良反应较少，但严重肝功能障碍者慎用。