新型肺炎主要是由新型冠状病毒引起的。这种病毒是一种先前未在人类中发现的冠状病毒新毒株。
病毒的来源方面
野生动物携带： 研究表明，新型冠状病毒的天然宿主极有可能是野生动物，比如蝙蝠。蝙蝠体内存在多种冠状病毒，它们可能通过中间宿主传给人类。中间宿主推测： 目前有科学推测认为，穿山甲有可能是新冠病毒的中间宿主。科学家在穿山甲体内检测到的冠状病毒与新冠病毒的基因序列有较高的相似度。
病毒的传播途径方面
飞沫传播： 当新冠病毒感染者说话、咳嗽、打喷嚏时，会产生含有病毒的飞沫。这些飞沫在近距离内可以被周围人吸入而导致感染。一般来说，飞沫传播的距离通常在1 - 2米左右。接触传播： 病毒可以附着在物体表面，比如门把手、电梯按钮等。健康人接触了被病毒污染的物体表面后，再触摸自己的口、鼻、眼等黏膜部位，就有可能感染病毒。另外，在相对密闭的环境中长时间暴露于高浓度气溶胶情况下，也存在气溶胶传播的可能。
病毒的致病机制方面
入侵人体细胞： 新型冠状病毒表面的刺突蛋白能够与人体细胞表面的血管紧张素转化酶2（ACE2）受体结合，从而进入人体细胞。一旦进入细胞，病毒就会利用人体细胞的物质来复制自身，大量繁殖后导致细胞受损、死亡，进而影响人体的正常生理功能。引发免疫反应： 人体的免疫系统在识别到病毒入侵后会启动免疫应答。在这个过程中，会释放一系列细胞因子等物质，可能会引发过度的炎症反应，导致患者出现发热、咳嗽、呼吸困难等症状，严重的还可能发展为急性呼吸窘迫综合征、脓毒症休克等严重并发症。