肝囊肿的成因较为多样，其中先天性因素较为常见，约有90%的肝囊肿是先天性的，这是因为胚胎发育时期胆管发生异常改变所导致。
一、先天性发育异常
胚胎时期胆管发育障碍：在胚胎发育的过程中，胆管的形成出现异常，就可能会逐渐形成潴留性囊肿。这种情况往往是先天性遗传因素起作用，目前具体的遗传机制还在进一步研究中，但已经明确有一定的遗传倾向。
二、创伤因素
肝脏外伤后形成：当肝脏受到外部创伤，比如车祸导致的肝脏撞击伤、高处坠落等引起的肝脏损伤，在恢复过程中，局部组织可能会形成囊肿。一般来说，这种因创伤导致的肝囊肿相对较少见，但一旦肝脏有明显外伤史，后续需要密切关注肝脏情况，定期进行超声等检查来监测是否出现肝囊肿。
三、炎症因素
慢性炎症刺激：肝脏的慢性炎症，像慢性胆管炎等，长期的炎症刺激会使胆管壁发生增厚、狭窄等改变，胆汁排出不畅，进而形成囊肿。例如，一些患者本身有胆道系统的慢性炎症病史，经过较长时间的发展，就有可能逐渐出现肝囊肿。而且慢性炎症持续的时间越长，发生肝囊肿的可能性相对会有所增加。
四、寄生虫因素
肝包虫病导致：如果感染了肝包虫，棘球绦虫的幼虫会在肝脏内寄生，逐渐形成囊肿。在一些畜牧地区，肝包虫病的发病率相对较高。患者往往有接触过受感染的动物或其排泄物等情况，通过血液检查等可以发现相关的寄生虫抗体等指标异常，超声等影像学检查也能看到典型的肝包虫囊肿表现。