肝脏有囊肿的原因有多种。其中先天性因素较为常见，约占肝囊肿病因的90%左右，这是因为胚胎发育过程中胆管发育异常导致的。另外，创伤也是一个因素，肝脏受到外力撞击等创伤后，局部组织出血、坏死，也可能形成囊肿。还有寄生虫感染，比如肝包虫病，是由细粒棘球绦虫的幼虫感染肝脏引起的，在畜牧地区相对多见。
先天性因素相关
胚胎发育异常： 在胚胎时期，肝内胆管和淋巴管发育出现障碍，就可能逐渐形成囊肿。这种情况从胚胎时期就开始发展，随着年龄增长，囊肿可能会逐渐长大，但很多人在年轻时囊肿较小，没有明显症状。遗传倾向： 部分肝囊肿具有一定的遗传倾向，如果家族中有亲属患有肝囊肿，那么其他人患肝囊肿的风险可能会相对高一些，但这也不是绝对会发病，只是比普通人群有更高的易感性。
创伤因素相关
外力撞击： 当腹部受到剧烈撞击时，肝脏组织可能会受到损伤，局部血管破裂、组织坏死，之后周围组织修复过程中可能形成囊性结构。例如，交通事故中腹部受到撞击，就有可能引发肝脏创伤性囊肿。医源性创伤： 在一些肝脏手术或者穿刺等医疗操作过程中，如果操作不当，也可能导致肝脏组织损伤，进而形成囊肿。比如肝脏穿刺活检时，如果穿刺位置不准确或者操作粗暴，就可能引起局部创伤性囊肿。
寄生虫感染因素相关
肝包虫病： 细粒棘球绦虫的虫卵被人摄入后，在体内经过发育，幼虫会侵犯肝脏。虫卵一般通过污染的食物、水源等进入人体，幼虫在肝脏内逐渐生长繁殖，形成囊肿。在畜牧地区，人们接触到受感染动物的几率较高，感染肝包虫病导致肝囊肿的风险也就相对增加。感染途径： 主要是通过消化道感染，比如食用了被细粒棘球绦虫虫卵污染的蔬菜、水果等，虫卵在肠道内孵化出幼虫，幼虫通过血液循环到达肝脏，进而形成肝囊肿。