肝囊肿的成因较为多样，其中先天性因素是常见原因之一，约90%的肝囊肿为先天性，这是由于胚胎发育时期胆管发育异常所导致，这类囊肿通常生长较为缓慢。
一、先天性发育异常
分点1：胆管发育异常胚胎时期胆管发育出现偏差，使得胆管形成潴留性囊肿。这种情况从出生时就已存在，但可能在成年后才被发现，一般单个或多个小囊肿较为常见，通常不会引起明显症状。分点2：肝内迷走胆管肝内存在一些迷走胆管，在发育过程中逐渐形成囊肿，这类囊肿大小不一，可能会随着年龄增长而有轻微变化，但多数情况下对健康影响不大。
二、寄生虫感染
分点1：肝包虫病主要是细粒棘球绦虫的幼虫寄生在肝脏引起。在畜牧地区较为常见，人通过接触受感染的动物或食用被污染的食物而感染。包虫囊肿会逐渐增大，压迫周围肝组织，可能出现右上腹隐痛、腹胀等症状。分点2：其他寄生虫影响如华支睾吸虫等寄生虫感染，虽然相对较少见，但也可能导致肝脏出现类似囊肿样改变，不过一般通过粪便检查等可发现寄生虫相关证据。
三、创伤因素
分点1：外伤导致肝脏受到外力撞击等创伤后，局部血肿机化、液化可形成囊肿。这种情况多有明确的外伤史，如车祸、高处坠落等导致肝脏受伤，之后局部逐渐形成囊性结构。分点2：医源性创伤在一些肝脏手术或穿刺等医疗操作中，如果操作不当，也可能引起局部组织损伤后形成囊肿。例如肝脏穿刺活检时，可能因操作失误导致局部组织修复过程中形成囊肿，但这种情况较为少见，且医生会尽量避免。