肝脏囊肿形成的原因有多种，其中先天性因素较为常见，比如在胚胎发育时期，胆管发育异常就可能逐渐形成囊肿，这种情况没有明确的具体发生率数据，但较为多见。
先天性发育异常导致
胆管发育异常： 在胚胎发育阶段，胆管的形成出现异常，部分胆管结构发生改变，进而慢慢发展成囊肿。这种发育异常是先天性的，从胚胎时期就已存在，只是可能在成长过程中才逐渐显现出来。肝内小胆管扩张： 肝脏内的小胆管如果出现异常扩张，也有可能形成囊肿。这也是胚胎发育过程中胆管系统发育出现偏差所导致的情况之一。
寄生虫感染相关
肝包虫囊肿： 这是由细粒棘球绦虫的幼虫感染引起的。当人摄入了含有棘球绦虫虫卵的食物后，虫卵在体内发育，幼虫会寄生在肝脏，逐渐形成囊肿。比如在一些畜牧地区，人们接触到受污染的环境等因素，就容易感染这种寄生虫从而引发肝包虫囊肿。华支睾吸虫感染： 虽然华支睾吸虫主要影响胆管系统，但严重感染时也可能波及肝脏，导致肝脏出现相关的囊性改变。不过相对来说，这种情况的发生率较肝包虫囊肿低一些，但也是寄生虫感染导致肝脏囊肿的一个方面。
创伤因素
肝脏外伤后： 当肝脏受到外伤，比如撞击伤、手术创伤等情况后，肝脏局部组织可能会出现血肿，随着时间推移，血肿机化、液化，有可能形成囊肿。一般来说，有明确肝脏外伤史的人群相对更容易出现这种因创伤导致的肝脏囊肿，但具体发生概率会因外伤的严重程度等因素而有所不同。医源性创伤： 在一些肝脏相关手术过程中，如果操作不当，也可能导致肝脏组织出现损伤，进而引发囊肿形成。例如肝脏肿瘤切除手术中，如果对周围组织处理不当，就可能增加术后肝脏囊肿形成的风险。