肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染导致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦受损伤，比如腹泻时粪便刺激肛窦，就容易引发肛腺感染，进而向周围蔓延形成脓肿。
一、肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 腹泻时粪便中的硬物等容易擦伤肛窦，使细菌容易侵入肛腺。据统计，约有70% - 80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤的情况。肛腺阻塞： 肛腺分泌的黏液如果排出不畅，就会导致肛腺阻塞，细菌在阻塞的肛腺内繁殖，引发感染，逐渐形成脓肿。
二、身体抵抗力因素
免疫力低下人群： 比如糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易受到细菌感染，患肛周脓肿的风险比正常人高2 - 3倍。长期使用免疫抑制剂的人，如器官移植后服用免疫抑制剂的患者，身体免疫力被抑制，也容易发生肛周脓肿。婴幼儿： 婴幼儿的肛腺发育尚未完善，而且肛门周围皮肤娇嫩，容易受到细菌侵袭，相对来说也较容易患上肛周脓肿。
三、局部卫生因素
不注意清洁： 肛门局部卫生状况差，粪便残留容易滋生细菌。如果不经常清洗肛门，尤其是在便后没有清洁干净，就会增加肛周感染的机会。据调查，不注意肛门局部清洁的人群中，肛周脓肿的发生率比注意清洁的人群高约50%。穿着不透气衣物： 长时间穿着紧身、不透气的内裤或裤子，会使肛门局部环境潮湿闷热，有利于细菌生长繁殖，从而增加肛周脓肿的发病风险。