功能性消化不良可使用促胃肠动力药，如多潘立酮，它能促进胃肠蠕动，改善腹胀、早饱等症状；还可使用助消化药，像复方消化酶制剂，能补充消化酶，帮助消化；对于有明显精神心理因素的患者，可使用抗抑郁焦虑药，如氟哌噻吨美利曲辛。
促胃肠动力药方面
促胃肠动力药适用于以腹胀、早饱、嗳气等为主要症状者。多潘立酮能增强胃蠕动，协调胃与十二指肠运动，从而缓解相关不适，不同年龄人群使用需注意，儿童使用要谨慎评估。
助消化药方面
当患者存在消化不良、食欲不佳等情况时，复方消化酶制剂可发挥作用，它能补充人体缺乏的消化酶，帮助食物消化吸收，不同年龄阶段人群可根据自身消化情况合理考虑使用。
抗抑郁焦虑药方面
若功能性消化不良患者伴有明显精神心理因素，如长期焦虑、抑郁等，抗抑郁焦虑药可能会有一定帮助，这类药物的使用需要综合患者的精神心理状态及整体健康情况来考量，尤其要关注不同年龄人群的适用差异。