三个月大的宝宝在睡觉时经常摇头，可能是以下原因引起：
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，摇头可能是在自我锻炼。
2.湿疹：宝宝头部出汗多，若家长没有及时清理，会导致宝宝头部瘙痒，从而出现摇头的现象。
3.缺钙：宝宝生长发育迅速，若钙摄入不足，会导致神经兴奋性增加，从而出现多汗、摇头等症状。
4.头皮感染：如果宝宝不注意卫生，可能会导致头皮感染，从而出现瘙痒、疼痛等症状，导致宝宝摇头。
5.中耳炎：如果宝宝患有中耳炎，会出现耳部疼痛、瘙痒等症状，也会导致宝宝摇头。
如果宝宝只是偶尔摇头，精神状态良好，吃奶正常，家长可以先观察。如果宝宝摇头频繁，精神状态差，或者伴有其他症状，如哭闹、烦躁、睡眠不安等，建议及时带宝宝就医，明确原因，以便采取相应的治疗措施。