三个月宝宝睡觉摇头可能是正常的，也可能是由环境因素、皮肤问题、维生素D缺乏性佝偻病等原因引起的。
1.正常情况：
宝宝的神经系统发育还不完善，控制能力较弱，可能会出现摇头、手抖等不自主运动，这是正常的生理现象。此外，宝宝的前庭功能也在发育中，会通过摇头等动作来感受平衡和空间。
2.环境因素：
(1)过热：如果宝宝睡觉时环境温度过高，或者盖的被子过厚，可能会导致宝宝出汗过多，头部瘙痒，从而出现摇头的现象。
(2)嘈杂：环境嘈杂、有噪音等，可能会影响宝宝的睡眠，导致其通过摇头等动作来表达不满。
3.皮肤问题：
(1)湿疹：宝宝的皮肤娇嫩，如果出现湿疹，会导致皮肤瘙痒，从而引起宝宝摇头。湿疹还可能伴有皮肤发红、脱屑等症状。
(2)痱子：如果宝宝出汗过多，汗液刺激皮肤，也可能会导致痱子，引起瘙痒，使宝宝摇头。
4.维生素D缺乏性佝偻病：
如果宝宝体内维生素D不足，会导致钙吸收不良，引起佝偻病。佝偻病的早期表现之一就是多汗，宝宝会出现头部多汗、摇头等症状。此外，佝偻病还可能伴有夜惊、夜啼、烦躁、方颅、鸡胸等症状。
如果宝宝只是偶尔摇头，没有其他异常表现，可能是正常的。但如果宝宝摇头频繁，伴有哭闹、烦躁、夜惊等症状，或者有其他异常表现，家长应及时带宝宝就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。
此外，家长在护理宝宝时，应注意保持环境舒适、安静，避免温度过高或过低。同时，要注意宝宝的皮肤清洁，及时更换衣物和尿布，避免湿疹、痱子等皮肤问题的发生。如果怀疑宝宝维生素D缺乏，应及时带宝宝就医，进行相关检查和治疗。