嘴总溃疡的原因有多种。一般来说，免疫力低下是常见因素之一，比如当人体处于疲劳状态时，免疫力可能会短暂下降，这时候就更容易出现口腔溃疡，有研究显示约30% - 40%的口腔溃疡患者存在免疫力波动的情况。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 如果口腔内有残根、残冠或者不合适的假牙等，这些异物会不断摩擦口腔黏膜，就容易引发溃疡。比如有患者因为牙齿有尖锐的残根，长期摩擦舌头侧面，就反复出现溃疡。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，也会形成溃疡。有的人吃饭速度快，或者咀嚼不细致，就容易咬到腮帮子或者嘴唇内侧，从而导致溃疡发生。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当身体缺乏维生素B2、维生素B6、维生素B12以及叶酸等维生素时，就可能导致口腔溃疡。例如，长期偏食、节食的人，很容易出现维生素摄入不足的情况，进而引发口腔溃疡。一般来说，正常成年人每天需要摄入维生素B2约1.2 - 1.5毫克，缺乏时就可能增加口腔溃疡的发生风险。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺铁会影响血红蛋白的合成，进而影响组织修复等过程，都可能导致口腔溃疡反复出现。
三、系统性疾病因素
消化系统疾病： 患有胃溃疡、十二指肠溃疡、溃疡性结肠炎等消化系统疾病时，会影响营养物质的吸收，同时机体的免疫状态也可能受到影响，从而容易引发口腔溃疡。比如有胃溃疡的患者，约有25% - 30%会伴随口腔溃疡的发生。内分泌紊乱： 女性在月经周期前后或者怀孕期间，体内的内分泌会发生变化，这时候就比较容易出现口腔溃疡。例如，有调查发现，约60%的女性在月经前期口腔溃疡会复发或加重。