嘴总起溃疡的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的人会受到复发性阿弗他溃疡的困扰，而嘴总起溃疡常见原因如下：
局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 如果口腔里有残根、残冠，或者不合适的假牙，长期摩擦口腔黏膜，就容易引发溃疡。比如有尖锐边缘的残牙，持续刺激对应的口腔部位，1 - 2周内就可能出现溃疡。咬合创伤： 牙齿咬合关系不正常，像牙齿错位、磨牙等情况，咀嚼时咬到口腔黏膜，也会导致溃疡发生，这种溃疡往往出现在咬合接触的部位。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当身体缺乏维生素B₂、维生素B₁₂、叶酸等时，就容易长溃疡。比如长期吃素的人，若不注意补充这些维生素，2 - 3个月后可能就会出现口腔黏膜溃疡症状。微量元素缺乏： 像铁、锌等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。如果饮食中摄入这类元素不足，身体代谢受影响，就会增加长溃疡的几率，一般缺乏3 - 6个月后可能逐渐出现溃疡表现。
免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，就容易攻击自身的口腔黏膜组织，从而引发溃疡。比如患有白塞病时，除了口腔反复溃疡外，还可能出现眼部、生殖器等部位的病变，这种情况可能持续数月甚至数年反复发作。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如患有艾滋病、肿瘤等疾病，或者长期熬夜、过度劳累、精神压力大时，身体抵御外界病菌的能力下降，就容易让病毒或细菌趁虚而入，导致口腔溃疡频发，一般在免疫力低下持续1 - 2个月后就可能出现溃疡。
其他因素
内分泌变化： 女性在月经周期前后，体内激素水平发生变化，就容易长口腔溃疡。一般在月经前1 - 2周开始出现，经期中或后逐渐缓解。食物过敏： 有些人对特定食物过敏，吃了之后口腔黏膜会出现过敏反应，表现为溃疡。比如对芒果过敏的人，吃了芒果后数小时内，嘴唇周围或口腔内就可能出现红斑、溃疡。