肝囊肿一般是由多种因素引起的，其中先天性因素较为常见，约90%的肝囊肿是先天性的，这是因为胚胎时期胆管发育异常导致。另外，寄生虫感染也可能引发肝囊肿，比如肝包虫病，是人感染棘球绦虫的幼虫所致。还有创伤、炎症等因素也可能在一定程度上诱发肝囊肿。
先天性发育异常导致
胚胎发育过程中，胆管发生异常变化，就可能形成肝囊肿。这种先天性的肝囊肿一般生长较为缓慢，早期可能没有明显症状。比如在胚胎时期，胆管的分支和融合出现偏差，使得局部胆管扩张，逐渐形成囊肿样结构。而且这种先天性因素导致的肝囊肿可能会有家族遗传倾向，但遗传概率相对较低。
寄生虫感染引发
当人体感染肝包虫寄生虫时，寄生虫的幼虫会在肝脏内寄生，进而形成囊肿。例如，在一些畜牧地区，人们接触到感染棘球绦虫的动物后，虫卵可能进入人体，随着血液循环到达肝脏，发育成包虫囊肿。这种由寄生虫感染引起的肝囊肿需要及时进行抗寄生虫治疗，否则囊肿可能会逐渐增大，压迫周围组织。
创伤、炎症影响
肝脏受到创伤后，局部组织可能出现修复异常，也有可能形成囊肿。比如肝脏受到外力撞击等创伤后，局部的血液循环和组织修复过程中出现问题，导致局部形成囊性结构。另外，肝脏的慢性炎症也可能引发肝囊肿，长期的炎症刺激会使肝脏组织发生改变，进而形成囊肿。例如慢性肝炎患者，如果炎症没有得到有效控制，就有可能增加肝囊肿的发生风险。