目前治疗脑梗并没有绝对“最好”的药，需根据发病时间等情况选择。一般在发病4.5小时内符合溶栓指征的患者，可使用阿替普酶等溶栓药物，这是目前较为有效的早期治疗手段之一。
溶栓类药物
阿替普酶： 是一种重组人组织型纤溶酶原激活剂，能特异性地激活血栓中的纤溶酶原，使之转变为纤溶酶，从而溶解血栓。它需要在发病4.5小时内使用，能显著降低脑梗患者的致残率和死亡率，但使用有严格的适应证和禁忌证，比如存在颅内出血史、近3个月有重大头颅外伤史等情况就不能用。
抗血小板聚集药物
阿司匹林： 通过抑制血小板的环氧化酶，减少血栓素A₂的生成，从而抑制血小板聚集。一般建议脑梗患者在无禁忌证时长期服用，能降低脑梗复发风险。不过，有消化道溃疡、出血倾向的患者要慎用，可能会加重出血风险。氯吡格雷： 也是常用的抗血小板药物，作用机制是选择性地抑制二磷酸腺苷（ADP）与血小板受体的结合及继发的ADP介导的糖蛋白GPⅡb/Ⅲa复合物的活化，从而抑制血小板聚集。对于不能耐受阿司匹林的患者可以选用，但同样要注意出血等不良反应。
神经保护类药物
依达拉奉： 是一种自由基清除剂，能抑制脂质过氧化，从而抑制脑细胞、血管内皮细胞、神经细胞的氧化损伤。可用于改善急性脑梗死所致的神经症状、日常生活活动能力和功能障碍。它一般通过静脉滴注给药，使用过程中要监测肝功能等指标。胞磷胆碱钠： 可以增加脑血流量，改善脑循环，并且促进大脑物质代谢，对促进大脑功能恢复和苏醒有一定作用，常用于脑梗后的神经功能修复等治疗。