舌头上起口腔溃疡的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的复发性阿弗他溃疡与遗传因素有关，如果家族中有多人经常长口腔溃疡，那么个体患病风险会增加。
局部创伤因素
咬伤导致： 比如吃饭时说话、咀嚼过快等情况，牙齿不小心咬伤舌头，就容易形成口腔溃疡。这种情况在日常生活中很常见，尤其是喜欢快速进食或者吃饭时注意力不集中的人更容易发生。假牙刺激： 如果佩戴不合适的假牙，假牙的边缘可能会反复摩擦舌头，长时间的摩擦就会引发口腔溃疡。尤其是新佩戴假牙的人群，由于还不适应假牙的刺激，更容易出现这种情况。
营养不良因素
维生素缺乏： 当身体缺乏维生素B族（如维生素B₂、B₁₂等）以及维生素C时，就容易长口腔溃疡。例如，长期偏食、挑食的人，摄入富含维生素的蔬菜水果较少，就可能出现维生素缺乏的情况。一般来说，正常成年人每天需要摄入一定量的维生素B族和维生素C，如维生素B₂建议成年人每天摄入1.2 - 1.5毫克，维生素C建议每天摄入100毫克左右。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与口腔溃疡有关。锌参与人体多种酶的合成和代谢，缺铁会影响血红蛋白的合成，进而影响身体的正常生理功能，容易引发口腔溃疡。例如，素食者如果不注意补充锌和铁，就容易出现微量元素缺乏的情况。
免疫系统因素
免疫力下降时： 当人体免疫力下降，如过度疲劳、睡眠不足、患有某些慢性疾病等情况下，身体的免疫系统不能正常发挥作用，就容易让一些病毒（如单纯疱疹病毒）等趁机活跃起来，引发口腔溃疡。比如，长期熬夜的人，睡眠不足会导致免疫力降低，据研究，长期熬夜的人患口腔溃疡的几率比作息规律的人高出约30%。自身免疫性疾病相关： 一些自身免疫性疾病，如白塞病，也会出现舌头上长口腔溃疡的症状，同时还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等表现。白塞病是一种慢性自身免疫性疾病，目前病因还不完全明确，但与自身免疫系统异常有关。