真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如皮肤真菌感染，常见的体癣，会出现环形或多环形的红斑，边缘有丘疹、水疱，伴有瘙痒，一般病程可持续数周甚至数月。
皮肤真菌感染症状
皮肤表面红斑： 像手癣，初期可能在手指间出现小水疱，之后水疱干涸脱屑，逐渐向周围蔓延形成环状红斑，边界清楚。瘙痒明显： 无论是足癣还是股癣，患者往往会感到局部剧烈瘙痒，尤其在夜间或受热时，瘙痒感会加重，严重影响生活质量。
呼吸道真菌感染症状
咳嗽咳痰： 肺部真菌感染时，患者可能会出现咳嗽，多为持续性咳嗽，咳痰可为白色黏痰，有时可能带有血丝。比如肺曲霉病患者，咳嗽症状较为常见，持续时间可能较长。发热： 部分呼吸道真菌感染患者会有发热表现，体温一般在38℃左右，也有少数患者体温可高达39℃以上，发热可持续数天甚至数周。
消化道真菌感染症状
口腔念珠菌感染： 常见于婴幼儿，表现为口腔黏膜出现白色凝乳状斑膜，不易擦去，强行擦去后可见红色创面。成人也可能发生，会有口腔疼痛、吞咽困难等症状。胃肠道不适： 如念珠菌性肠炎，患者会出现腹痛、腹泻，大便多为黄色稀便，次数增多，每天可达数次至十余次。
深部真菌感染症状
中枢神经系统真菌感染： 会出现头痛、发热、恶心、呕吐等症状，病情严重时可能导致意识障碍，如嗜睡、昏迷等。例如新型隐球菌性脑膜炎，起病较为隐匿，病情逐渐加重。泌尿系统真菌感染： 患者可能有尿频、尿急、尿痛等膀胱刺激症状，也可能出现腰痛，尿液检查可见白细胞、红细胞增多等异常。