长口疮的原因有多种。一般来说，大约有30% - 50%的口疮发作与遗传因素有关，如果家族中有多人经常长口疮，那么个体长口疮的概率会相对较高。
局部创伤因素
口腔内异物刺激： 比如牙齿的残根、残冠，或者不合适的假牙等，它们会不断摩擦口腔黏膜，从而引发口疮。例如，有的患者牙齿有尖锐的边缘，长期刺激口腔黏膜，就容易反复长口疮。咬伤口腔黏膜： 吃饭时不小心咬伤口腔黏膜，也可能导致口疮形成。比如咀嚼过快，牙齿误咬到嘴唇、舌头等部位的黏膜，伤口如果没有及时愈合，就可能发展为口疮。
营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B6、维生素B12以及叶酸等维生素时，容易长口疮。例如，长期偏食、挑食的人，很可能会出现维生素摄入不足的情况，进而引发口疮。一般来说，成年人每天需要摄入一定量的这些维生素来维持口腔黏膜的正常功能，缺乏时就易长口疮。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与长口疮有关。锌参与人体很多重要的生理过程，缺乏锌会影响口腔黏膜的修复和再生；铁缺乏会导致身体免疫力下降，也容易引发口疮。比如一些素食者，如果不能合理补充锌和铁，就比较容易长口疮。
免疫系统因素
免疫力下降： 当人体免疫力下降时，比如感冒、过度疲劳、熬夜等情况下，口腔内的潜在病菌就容易活跃起来，从而引发口疮。例如，连续熬夜后，很多人会发现口腔出现口疮，这就是因为熬夜导致免疫力下降，让病菌有了可乘之机。自身免疫性疾病： 某些自身免疫性疾病也会导致口疮反复发作。比如白塞病，除了口疮外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。这种自身免疫性疾病会攻击自身的组织和器官，其中就包括口腔黏膜，引发口疮。