桥本氏病的病因目前尚未完全明确，一般认为与遗传因素、自身免疫因素以及环境因素等有关。遗传方面，研究发现约有10% - 15%的桥本氏病患者有家族史，遗传易感性在发病中起到一定作用。
遗传因素方面：
家族聚集性： 有研究显示，如果家族中有亲属患有桥本氏病，那么其他家庭成员患该病的风险会比普通人群高。比如在一个家庭中，父母一方患有桥本氏病，其子女患病的概率可能比没有家族史的人群高出数倍。
自身免疫因素方面：
免疫系统异常攻击： 人体的免疫系统会错误地将甲状腺组织当作外来的有害物质进行攻击。正常情况下，免疫系统能够识别自身组织并加以保护，但在桥本氏病患者体内，免疫系统的这种识别功能出现紊乱，产生了针对甲状腺的自身抗体，如甲状腺过氧化物酶抗体（TPOAb）和甲状腺球蛋白抗体（TgAb）等。这些抗体水平升高会持续破坏甲状腺细胞，导致甲状腺功能逐渐发生变化，可能出现甲状腺功能减退等情况。
环境因素方面：
感染因素： 某些病毒感染可能与桥本氏病的发病有关。例如，柯萨奇病毒、腮腺炎病毒等感染后，可能会触发人体的自身免疫反应，进而影响甲状腺。有研究发现，在一些桥本氏病患者发病前，有过病毒感染的经历。碘摄入因素： 碘是合成甲状腺激素的重要原料，碘摄入异常可能影响甲状腺的功能。如果长期摄入过量的碘，可能会加重自身免疫性的损伤，增加患桥本氏病的风险；而长期摄入碘不足，也可能对甲状腺的正常功能产生影响，间接与桥本氏病的发病相关。比如在一些碘缺乏地区，人群中桥本氏病的发病率可能会有一定变化。