一、遗传因素
部分甲状腺囊性结节的发生与遗传易感性相关，特定基因的突变可能增加个体罹患风险，家族中有甲状腺疾病史的人群相对更易出现此类结节，遗传因素通过影响甲状腺细胞的生物学特性等方式，为囊性结节的发生奠定基础。
二、碘代谢异常
碘摄入过多：长期碘摄入过量可导致甲状腺滤泡上皮细胞代谢紊乱，干扰甲状腺激素的正常合成与分泌，进而促使囊性结节形成。
碘摄入过少：碘缺乏时甲状腺激素合成减少，通过负反馈调节使促甲状腺激素（TSH）分泌增加，长期刺激甲状腺组织，可引发甲状腺囊性结节。
三、炎症刺激
甲状腺的慢性炎症，如自身免疫性甲状腺炎等，炎症过程中释放的炎症因子会影响甲状腺细胞的生长、分化，导致甲状腺组织损伤与修复异常，进而可能形成囊性结节。
四、内分泌紊乱
生理时期因素：女性在青春期、妊娠期、哺乳期等特殊生理时期，体内激素水平波动较大，如雌激素水平变化可影响甲状腺生理功能，增加甲状腺囊性结节发生风险。
精神压力因素：长期精神压力过大可导致下丘脑-垂体-甲状腺轴功能失调，干扰甲状腺的正常调节机制，促使甲状腺囊性结节形成。
五、其他因素
年龄因素：中老年人群甲状腺组织逐渐出现退行性变，相对更易出现甲状腺囊性结节。
生活方式因素：长期吸烟、酗酒等不良生活习惯可影响甲状腺正常代谢，增加结节发生几率。
既往病史因素：既往有甲状腺良性结节病史的患者，病情迁延不愈时可能发展为甲状腺囊性结节。