一、遗传因素
部分甲状腺囊性结节的发生与遗传易感性相关，若家族中有甲状腺结节病史，特定基因变异可能增加个体患甲状腺囊性结节的风险，研究表明某些遗传因素会影响甲状腺细胞的生长调控等过程，使得个体较易出现囊性结节结构改变。
二、碘摄入异常
碘是甲状腺合成甲状腺激素的关键原料，碘摄入失衡可引发甲状腺囊性结节。当碘摄入过少时，甲状腺为维持激素合成会代偿性增生，可能导致滤泡结构异常进而形成囊性结节；而碘摄入过多也会干扰甲状腺正常的生理功能，影响滤泡的正常代谢，增加囊性结节发生几率，例如碘缺乏地区人群甲状腺囊性结节的发生率可能相对偏高。
三、炎症感染
甲状腺部位的慢性炎症长期刺激甲状腺组织，会破坏甲状腺细胞的正常结构与功能，促使滤泡出现病变，逐步形成囊性结节。比如既往患有甲状腺炎等疾病，若炎症未得到有效控制，炎症因子持续作用于甲状腺，就可能引发囊性结节的形成。
四、甲状腺自身免疫异常
自身免疫性疾病攻击甲状腺组织，导致甲状腺细胞受损，干扰甲状腺的正常生理过程，进而可能促使囊性结节形成。例如自身免疫性甲状腺炎患者，自身抗体持续作用于甲状腺，破坏甲状腺细胞的结构和功能，使得甲状腺滤泡发生改变，增加了囊性结节的发生风险。
五、环境及辐射因素
长期暴露于辐射环境中，如颈部接受过辐射治疗或处于高辐射污染环境，辐射会损伤甲状腺细胞的DNA，影响甲状腺细胞的正常代谢和生长调控，从而增加囊性结节的发生风险；此外，某些化学物质的长期暴露等环境因素也可能参与甲状腺囊性结节的发生过程，干扰甲状腺的正常生理功能。