三个月宝宝睡觉总是摇头，可能是以下原因导致的。
1.正常的生理现象：宝宝的前庭功能还没有发育完善，会出现摇头的情况，这是一种正常的生理现象，一般不需要特殊处理。
2.湿疹：如果宝宝头部有湿疹，会因为瘙痒而出现摇头的情况。此外，湿疹还可能伴有皮肤发红、脱屑等症状。
3.缺钙：宝宝缺钙时，会出现多汗、烦躁、摇头等症状。此外，缺钙还可能导致宝宝骨骼发育异常，出现鸡胸、漏斗胸等情况。
4.耳部疾病：如果宝宝耳部有耵聍（耳屎）、中耳炎等疾病，会因为耳部不适而出现摇头的情况。此外，耳部疾病还可能伴有耳部疼痛、流脓等症状。
5.头皮瘙痒：如果宝宝头皮有污垢、湿疹等，会因为头皮瘙痒而出现摇头的情况。此外，头皮瘙痒还可能伴有头皮发红、脱屑等症状。
如果宝宝睡觉总是摇头，同时伴有其他异常症状，建议及时就医，明确原因，并在医生的指导下进行治疗。