三个月宝宝睡觉总摇头，可能与以下几种情况有关。
1.正常的生理现象：宝宝的神经系统尚未发育完全，睡眠时可能会出现不自主的摇头动作，这是正常的生理现象，通常会随着宝宝的成长逐渐消失。
2.头部出汗：如果宝宝睡觉时头部出汗较多，可能会感到不适，从而通过摇头来缓解。此外，宝宝的头部温度比身体其他部位高，容易出汗，家长要注意保持宝宝头部的清洁和干燥。
3.湿疹：宝宝头部、面部或颈部可能会出现湿疹，导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。湿疹通常还会伴有皮肤发红、脱屑等症状。家长可以使用湿疹霜或医生建议的药物来治疗湿疹。
4.缺钙：宝宝缺钙时，可能会出现多汗、烦躁、睡眠不安等症状，从而引起摇头。家长可以带宝宝去医院检查微量元素，如有必要，可以在医生的指导下补充钙剂和维生素D。
5.外耳道炎或中耳炎：如果宝宝的外耳道有耵聍（耳屎）或受到感染，可能会引起瘙痒和疼痛，从而导致摇头。此外，中耳炎也可能导致宝宝耳部疼痛，引起摇头。家长可以观察宝宝的耳部是否有分泌物，如果有异常，应及时带宝宝去医院就诊。
6.皮肤过敏：宝宝的皮肤娇嫩，如果接触到过敏原，可能会出现过敏反应，导致皮肤瘙痒，从而引起摇头。家长要注意宝宝的皮肤护理，避免接触过敏原。
如果宝宝睡觉总摇头的情况持续时间较长或伴有其他异常症状，如哭闹、呕吐、发热等，家长应及时带宝宝去医院就诊，以便明确原因并进行相应的治疗。